从海水养殖业发展规模经济的过程来看，现代海水养殖业在政策扶持、科技进步、市场拉动和国家综合实力增强等诸多因素的促进下，获得较好的发展，产生了巨大的经济、社会效益。但同时我们必须承认，我国海水养殖业发展规模经济刚刚起步，在养殖方式、养殖技术、病害防治等方面存在诸多的问题。
一、经济效益方面存在的问题
1.养殖空间日渐减少
近年来随着我国沿海地区发展临港工业、拓展交通空间、扩张旅游用地等工程的实施，适宜开展海水养殖的海岸带面临着日趋减少的压力。因此，基于长远战略安排的现实需要，继续推进海水养殖业发展规模经济就成为海水养殖业发展的必然选择。
2012 年上海市海水养殖业的相关统计指标为零，充分说明了海水养殖业空间紧张的现状。2008-2012 年浙江海水养殖面积呈逐步下降趋势，依次为 96.14 千公顷、94.51 千公顷、93.91 千公顷、90.84 千公顷和 89.75 千公顷。
2.海水养殖产业风险保障机制不完善
首先，我国目前的渔业互保主要保的是渔民和保渔船，渔业互保协会里所涉及的险种基本上与海水养殖业无关。其次，由于海水养殖业高风险与高收益的不匹配，商业保险公司设计的险种中没有专门针对海水养殖业。海水养殖户没有相关的风险保障，一旦遭受损失，只能自己承担。
灾后重建工作是一项长期工程，许多养殖户根本没有多余的启动资金。因此，海水养殖灾害保障机制是维持我国海水养殖业持续、稳定、健康发展的重要保证，税收优惠、财政补贴政策在这方面可以有效推动保障机制的建设与完善。
二、良种培育方面存在的问题
我国现代海洋农业正面临着从“规模产量型”向“质量效益型”发展的关键时期。据农业部渔业统计年鉴的资料，我国从事水生生物孵化、繁育生产的苗种场15000 多个，繁育虾类育苗 7356 亿尾，贝类育苗 12854.46 亿粒，海带育苗 395亿株，鱼苗 4.5 亿尾。
海洋种业的发展空间和潜力十分巨大，但优质高值养殖种类产量总比例不足 1/10；适于养殖的优良苗种遗传改良率仅为1/4，远低于种植业和畜牧业。
良种数量少不能满足我国多样化养殖和拓展养殖空间的需要，海水养殖病害及其引发的水产品质量安全形势依然严峻，传统养殖水域空间萎缩以及生产力不断下降等问题，严重制约了我国海水养殖业生产能力、作业方式与水平。
如我国凡纳滨对虾养殖产量达 100 余万吨，但优质虾苗依赖 OI 提供的优良种虾，仅亲虾每年的进口数量就在 10 万对以上，每只 300-500 美元。2011 年我国生产对虾苗种 7356 亿尾，其中凡纳滨对虾虾苗在 6332 亿尾以上，美国良种虾苗的价格在 120-160 元/万尾，是我国的当地普通苗种价格的 10 倍左右，仅良种凡纳滨对虾苗种一项的产值就在百亿人民币，可见良种种业的巨大经济效益。
1.苗种生产方式和设施设备不能满足海水养殖业规模化发展的需求
当前我国水产苗种主要有三种生产方式：一是完全依赖天然资源型，直接从自然水域捕捞幼苗进行养殖，尚未建立其人工繁殖技术，如鳗鲡采用这一方式。
二是半人工型，从自然水域捕捞亲本，采用人工繁殖方式获得苗种或部分地捞取苗种，这是目前我国绝大部分养殖种类的苗种生产方式；三是全人工型，养殖种类的苗种全部来源于人工选育良种繁育的后代，我国只有少数水产种类能够实现全人工型苗种供应。
这说明目前我国海水养殖业主要依赖于自然水产种质资源的开发利用，而海水养殖业的规模经营给自然资源带来了巨大压力。相对于国际上发达国家在水产苗种繁育技术和育苗技术的精准化、数字化和信息化等发展途径，我国在苗种繁育技术方面则更多向低成本、简易化和规模化模式发展。
虽然在提供低价大规模苗种和促进产业发展起到重要作用，但不可否认，也带来了苗种的生产稳定性差，苗种质量难以保障，技术提升空间少等问题。
2.良种对海水养殖业增产的贡献率低
良种是增产的关键，在其他条件不变的情况下，良种的使用可显著增加养殖产量。我国海水养殖业的发展更多依赖不断增加的养殖种类和不断扩张的养殖规模，良种对水产业增长的贡献率还很低。与水产养殖业发达的挪威、澳大利亚等国相比，我国水产业的良种贡献率也是较低的，我国水产良种增产贡献度有巨大的提升空间。
三、养殖方式方面存在的问题
1.滩涂养殖急需兼顾生态和经济效益
自 20 世纪 60 年代以来，泥蚶、缢蛏、菲律宾蛤仔、文蛤等滩涂贝类半人工采苗、土池人工育苗和工厂化育苗技术相继获得成功，为开展滩涂贝类增养殖提供了充足的苗种，滩涂贝类养殖产业获得了长足发展。
我国滩涂贝类养殖，主要养殖模式为滩涂底播养殖（包括滩涂底播护养和围塘精养等形式）。这一养殖模式较为粗放，器材和人工的投入小，是适合我国早期国情的滩涂贝类养殖方式。但是，由于缺乏科学管理与可持续发展考虑，也为产业发展带来了诸多困扰。
国外滩涂贝类养殖过程中，对育苗和养殖技术的开发相当重视。日本、韩国、美国、法国等围绕贝类生理特征、生态属性、育苗采苗技术等进行了大量的研究工作，取得结果意义重大。
美国和日本首次使用“上升流式苗床”，提高了苗种的成活率，效果显著。国外发达国家在浅海滩涂开发利用研究中，十分重视环境效益和生态效益，保持清洁生产和可持续发展已成为国际上的主要发展趋势。
与国外相比，我国在滩涂贝类养殖生产中，养殖业者科技意识尚待加强，与之相适应的新技术的研发和产业化推广也急需加强。国外现有的滩涂贝类养殖模式在技术和理念上领先于我们，但国外贝类养殖规模一般较小，投入较高，并不适合于我国滩涂贝类的大规模养殖方式，应用上受到一定的限制。
因此，借鉴国外先进技术，在滩涂贝类养殖领域研发适合我国产业发展的健康养殖模式，形成有中国特色和自由知识产权的滩涂贝类增养殖技术，才能促进我国滩涂贝类增养殖的健康和可持续发展。
滩涂养殖的藻类主要为食用的紫菜，由于滩涂环境对近岸环境依赖程度极大，且缺乏海域水体大规模交换运输能力，因此，近年来在紫菜等藻类食品安全领域已存在着多例不良报道。
由于藻类天然富集和积累二价金属离子的生物学特性，因此，在日本等主要海藻食品进口国并不将重金属作为检测指标。但藻类可以作为海域污染状况的反映指标，需要进一步开展滩涂海域环境质量与食品安全方面的研究。
2.基于生态系统管理的浅海养殖技术与管理策略亟待深入
我国的浅海贝类养殖一直稳居世界领先地位，而扇贝是我国海水贝类养殖业中最重要的养殖对象，可以说，扇贝养殖业的兴衰也就代表着我国浅海养殖业的兴衰。
由于浅海养殖技术与管理理念的缺乏，养殖贝类生长速度减缓，因为摄食不足，贝类瘦弱，对环境的抗性差，死亡率激增，产量和品质下降。例如，栉孔扇贝、海湾扇贝、虾夷扇贝、皱纹盘鲍等大规模死亡现象日趋严重。并且随着养殖面积的增加，养殖产量并未相应的增加，甚至出现降低的趋势。
浅海养殖面临的主要问题有生物方面的，包括品种、病害、繁育和养殖技术等；也有工程科技方面的，主要涉及养殖模式与设施；还有管理方面的，主要包括养殖容量、生态容量以及生态系统水平的管理策略等。
由此可见，必须进一步加强养殖生物基础、生理学、生态学研究，优化贝、藻、鱼、参等轮养或的套养品种搭配，调整放养密度。同时，加强养殖容量、生态容量数值模型的研究，建立基于 GIS、容量数值模型、环境质量标准的管理平台体系。
四、总结
在数字化技术应用和设备研发方面，目前我们在养殖方面的技术水平也较低，如水质传感器等高精器件几乎依赖进口，在软件方面，如智能控制软件、专家管理软件等也还处于探索阶段。总而言之，我国海水养殖业在产量和规模上取得了举世瞩目的成就，然而，在自然资源、环境、人口以及生物技术、海洋工程、物流运输等多重压力下，海水养殖的规模经济发展仍然面临严峻而复杂的挑战。
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